Miejsce pod przyszły kościół i klasztor wybrała Magdalena Mortęska (jedna z reformatorek zakonu benedyktynek) wraz z Anna Ostrogską (właścicielką Jarosławia). Na tym terenie istniał już średniowieczny, drewniany kościół św. Mikołaja, niegdyś farny, później należący do wikarych kolegiaty. W 1613 roku został przekazany przez kapitułę przemyską benedyktynkom.
Według zaleceń Magdaleny Mortęskiej miał być rozebrany po wybudowaniu kościoła murowanego. W 1615 roku biskup Sieciński położył kamień węgielny pod kościół murowany, którego budowa trwała 9 lat. Kościół w założeniu jest kwadratowy, jednonawowy z kaplicami, które pełniły rolę naw ocznych. Początkowo posiadał trzy ołtarze, a w połowie XVIII wieku już piętnaście. Ponadto ołtarze znajdowały się za klauzurą, nad kaplicami i w chórze, co bardzo nie spodobało się biskupowi Sierakowskiemu, który nakazał rozebrać część ołtarzy. Kościół w pierwszym okresie był z jedną wieżą, drugą wybudowano do 1635 roku. Wspaniałe dzieło sztuki, czyli okazały portal z 1622 roku znajdował się od strony zachodniej. Z chwilą wybudowania skrzydła zachodniego klasztoru, portal przeniesiono na południowa stronę kościoła.
Dekretem cesarza Józefa II z 6 IX 1782 roku nastąpiła kasata zakonu. Kościół pozostał w rękach austriackich. Dopiero w 1991 roku siostry benedyktynki ponownie stały się właścicielkami opactwa. W wyniku użytkowania przez Austriaków i Niemców, jak i rozgrabieniu i spaleniu kościół zatracił wystrój wnętrza. Obecne wyposażenie pochodzi z dawnego kościoła pojezuickiego w Przemyślu. Ołtarz główny pochodzi z końca XIX wieku, jego autorem jest Ferdynand Majerski z Przemyśla. Jest on wzorowany na wcześniejszym, który spłonął w Krakowcu (Ukraina) w czasie działań wojennych w 1941 roku. Ołtarz boczny Matki Bożej Ostrobramskiej w lewej kaplicy powstał w II połowie XVII wieku. Pochodzi z parafii Stara Sól, dekanat Sambor. W 1933 roku został sprzedany do kościoła Najświętszego Serca Jezusowego w Przemyślu. Po prawej stronie w bocznej kaplicy znajduje się ołtarz Chrztu Chrystusa. Organy o 35 głosach pochodzą z 1938 roku, wykonane zostały przez braci Narolskich z Przemyśla. Sztukaterie na sklepieniu zostały zniszczone wskutek pożaru. Obecne wykonano na podstawie zachowanych fragmentów. W dolnej części wieży kościelnej południowej umieszczona jest pamiątkowa tablica, poświęcona Franciszkowi Rakoczemu, który w tym klasztorze przebywał w 1703 roku. W skrzydle północnym znajduje się unikatowa „Czarna Kaplica” Matki Bożej Częstochowskiej, która powstała na skutek pożaru w 1944 roku. Z kościołem wiąże się niewyjaśniona zagadka historyczna grobu hetmana Karola Chodkiewicza, męża Anny Alojzy Ostrogskiej. W pobliżu wejścia do kościoła po prawej stronie w 1994 roku odsłonięto pomnik ks. Jerzego Popiełuszki.
Jarosławskie Stowarzyszenie „Ocalić Przeszłość dla Przyszłości”