7 września 1939 roku rodzina przodownika wezwana została do opuszczenia Jarosławia przed Niemcami. W okolicach mostu na Sanie pożegnał ją Stefan Podkówka pozostając na służbie. Rodzina do pozostawionego domu już nigdy nie wróciła. Po 17 września 1939 roku przodownik dołączył do swoich bliskich, którzy znajdowali się w Stojanowie woj. tarnopolskie, gdzie został aresztowany przez NKWD. Jego córka Regina tak zapamiętała to wydarzenie: Cierniem pozostaną w mej pamięci sceny z aresztowania Tatka. Tatko, człowiek dumny o wielkim poczuciu godności osobistej, w milczeniu zebrał się, nie reagował na zaczepne pytania w rodzaju: „A gdzie te batiarskie medale?” i podobne. Zachował godność. Jako dziecko czułam Jego przytłaczające przygnębienie. Pożegnanie krótkie, tragiczne – na zawsze. Stefan Podkówka trafił do obozu specjalnego w Ostaszkowie, skąd w listopadzie 1939 r. wysłał rodzinie kartkę, pierwszą i zarazem ostatnią. Został zamordowany na początku kwietnia 1940 r., a kilka dni później jego żonę i córkę deportowano do Kazachstanu. Staraniem syna Stefana Podkówki- Tadeusza na byłym budynku NKWD w Twerze- rosyjskim Kalininie umieszczono pamiątkową tablicę z napisem w języku polskim i rosyjskim o treści: „Pamięci jeńców obozów w Ostaszkowie, zamordowanych przez NKWD w Kalininie światu ku przestrodze. rodzina katyńska”. Starszy przodownik, zastępca komendanta Policji w Jarosławiu był jednym z 13 tysięcy policjantów zamordowanych przez NKWD. Stefan Podkówka oprócz syna Tadeusza wraz z zoną Ewą mieli jeszcze 12- letnią córkę Reginę uczennicę szkoły św. Kingi. W podziemiach urzędu parafialnego przy wieży dawnego kolegium jezuickiego w Jarosławiu odsłonięto pamiątkową tablicę o treści::
„Pamięci Stefana Podkówki 1897- 1940 Starszego Przodownika P.P.
Kierownika Komisariatu w Jarosławiu
Więźnia Ostaszkowa zamordowanego w Kalininie
Żona Ewa
Syn Tadeusz
Córka Regina
Ojcze Nasz”
Jarosławskie Stowarzyszenie „Ocalić Przeszłość dla Przyszłości”